Proses pembuatan kecap dapat dilakukan dengan berbagai cara yaitu secara fermentasi, cara hidrolisa asam, atau kombinasi keduanya tetapi yang lebih sering dan mudah dilakukan adalah dengan cara fermentasi. Pada cara fermentasi, seperti halnya pada tauco, proses pembuatan kecap juga melalui dua tahapan yaitu tahap fermentasi kapang dan fermentasi larutan garam.
1. Fermentasi Kapang
Pada tahap ini, kedelai yang sudah dibersihkan direbus, kemudian direndam semalam. Setelah direndam kedelai dicuci dan dikupas kulitnya dan kadang-kadang dilanjutkan dengan perebusan yang kedua. Kedelai kemudian dicampur dengan tepung tapioka yang telah disangrai lalu dibiarkan pada suhu ruang beberapa hari sampai ditumbuhi kapang. Pada beberapa pengrajin sering penambahan tepung ini tidak dilakukan dan kedelai yang telah bersih tadi dibiarkan pada suhu ruang sampai ditumbuhi kapang. Kemudian kedelai yang telah ditumbuhi kapang tersebut dikeringkan untuk di proses lebih lanjut. Di Korea, kedelai yang telah ditumbuhi kapang dan telah dikeringkan tersebut dikenal dengan nama Meju.
2. Fermentasi Larutan Garam
Untuk pembuatan kecap atau tauco, selanjutnya hanya merendam Meju dalam larutan garam selama beberapa bulan.
Pada pembuatan kecap tradisional di Indonesia, setelah proses penyaringan dilanjutkan dengan proses pemasakan. Pemasakan dilanjutkan sampai diperoleh produk dengan konsistensi tertentu (agak kental). Pada tahap pemasakan ini pula dilakukan penambahan bumbu-bumbu seperti daun salam, pekak, dan lain-lainnya.
Mikroba yang berperan dalam pembuatan kecap adalah kapang jenis Rhizopus sp., Aspergillus sp., atau campuran keduanya. Tetapi yang umum digunakan dalam pembuatan kecap adalah Aspergillus sp. Selain kapang, beberapa mikroba seperti khamir dan bakteri yang tahan garam juga turut berperan dalam proses fermentasi ini.
Pada prinsipnya pembuatan kecap serupa dengan pembuatan tauco, oleh karena itu perubahan-perubahan yang terjadi selama fermentasi juga serupa dengan fermentasi tauco. Komponen-komponen dari bahan akan terurai menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana sehingga akan lebih mudah dicerna. Keuntungan lainnya adalah terbentuknya senyawa cita rasa pada kecap, sehingga produk tersebut disukai.